ฤดูกาลที่ 4: ไมเคิลต้องการล้างแค้นให้การตายของซาราแต่ก็พบว่าเธอยังคงมีชีวิตอยู่และหัวที่ส่งไปให้ลินคอล์นครั้งนั้นเป็นของคนอื่น ไมเคิลก็รู้ความจริงเกี่ยวกับวิสเซิลว่าเขาทำงานลับให้กับเดอะคอมปานีร่วมกับมาโฮน ในขณะเดียวกับเบลลิก ที-แบ็กและซูเครก็หลบหนีออกมาจากคุกโซนาได้ โดนัลด์ เซลฟ์ (ไมเคิล ราพาพอร์ต)นักสืบพิเศษได้ร่วมทีมกับไมเคิล และลินคอล์น เช่นเดียวกับซูเคร , เบลลิกและมาโฮน เพื่อนำพาไปสู่เดอะคอมปานี เป็นการแลกเปลี่ยนกับอิสรภาพของพวกเขาส่วนซาราก็เข้ามาร่วมวง เธอหนีจากเกร็ตเชนมาได้ และโรแลนด์ (เจมส์ฮิโรยูกิ) แฮกเกอร์ที่ได้รับคำมอบหมายให้ช่วยเหลือพวกเขาหลังจากที่ถูกจับไปพวกเขาพยายามเอาข้อมูลจากเดอะคอมปานี (สกิลลา)ที่ามารถจะทำลายเดอะคอมปานีได้ ในระหว่างนั้น ไวแอต (เครส วิลเลียมส์)นักสืบจากเดอะคอมปานี พยายามที่จะตามรอยไมเคิล ลินคอล์นเมื่อพวกเขาขโมยสกิลลา ได้ เซลฟ์ทรยศพวกเขาและพยายามจะขายสกิลลาแต่ผิดพลาด ก่อนจะถึงช่วงหยุดกลางฤดูกาลแรกพบว่าแม่ของไมเคิลและลินคอล์นยังคงมีชีวิตอยู่และครอบครองสกิลลาด้วย ในส่วนที่ 2 ของฤดูกาล เริ่มออกฉายวันที่ 17 เมษายน กับตอนที่ชื่อ"SOB" แม่ของไมเคิลที่ชื่อคริสตินนาบอกพวกเขาว่าลินคอล์นไม่ใช่พี่ชายของไมเคิล เธอจัดฉากลินคอล์นและไมเคิลให้ดูเหมือนพวกเขาสังหารลูกชายของประธานาธิบดีของอินเดียเพื่อให้เกิดเรื่องการเมืองที่จะเกิดสงครามระหว่างจีนและอินเดียตามมาซึ่งเธอจะได้ผลประโยชน์จากการขายทคโนโลยีอาวุธจากสกิลลาจากทั้งสองฝั่งตอนจบของตอน "Cowboys and Indians" ไมเคิลได้สกิลลามาครอบครองแต่ลินคอล์นถูกจับตัวไปโดยพรรคพวกของคริสตินา และซาราก็ถูกนายพลนำตัวไปไมเคิลจึงต้องเลือกการแลกเปลี่ยนสกิลลาระหว่างชีวิตของซาราและลินคอล์นในสองตอนสุดท้าย ไมเคิลจัดการช่วยเหลือซาราจากเดอะคอมปานีได้และยังช่วยเหลือลินคอล์นได้โดยพวกเขาพยายามหาหนทางหนีและได้รับความช่วยเหลือจาก อดีตเอเยนต์ลับ พอลเคลเลอร์แมนและเพื่อนเก่าได้ เพื่อที่นำสกิลลาไปยัง ยูเอ็นพวกเขาทั้งหมดพ้นผิด ยกเว้นที-แบกที่กลุ่มลงมติว่าจะส่งเขากับไปคุกฟ็อกซ์ริเวอร์ ส่วนนายพลแครนตซ์ถูกส่งไปนั่งเก้าอี้ไฟฟ้า ซีรีส์นี้จบลงโดยเป็นเรื่องอีก 4 ปีข้างหน้าที่มีการมารวมตัวกันอีกเพื่อนรำลึกถึงวันเสียชีวิตของไมเคิลโดยเนื้อเรื่องการเสียชีวิตของไมเคิล อยู่ในตอน "Prison Break: The FinalBreak" ที่ไมเคิลเสียสละชีวิตเพื่อให้ซาราหนีพ้นออกจากคุกไปได้