มาถึงซีซั่นสามแล้ว กับ Prison Break ซึ่งซีซั่นนี้มีเพียง 13 ตอนเท่านั้น เนื่องจากเกิดเหตุสมาพันธ์นักเขียนบทประท้วงขอขึ้นค่ าแรง (แต่เหตุการณ์เป็นอย่างไร ไม่ทราบค่ะ ไม่ได้ติดตาม) ซีซั่น 3 เนื้อเรื่องจึงออกมางงๆ และโดนตัดจบที่ 13 ตอนในซีซั่นนี้ ไมเคิล สกอฟิลด์ ต้องกลับเข้าไปอยู่ในคุกอีกครั้ง แต่ครั้งนี้เป็นคุกที่โหดที่สุด คุกที่ไม่มีผู้คุมเข้ามาดูแล เป็นคุกที่ไม่เคยมีใครหนีออกมาได้ และไม่เคยมีใครได้กลับออกมา คุกแห่งนี้ก็คือ SONA, PANAMAในโซน่านั้น ก็มีคนคุ้นหน้าอยู่ด้วย นั่นก็คือ อเล็กซ์ มาโฮน ที่โดนใส่ร้ายป้ายสีจากไมเคิลเอง, แบรด เบลลิค ผู้คุมของคุกฟอกซ์ริเวอร์ และ ทีแบ็ค นักโทษแหกคุกโรคจิตที่หนีออกมาได้พร้อมไมเคิลในซีซั่นแรกทางด้าน The Company ผู้มีส่วนร่วมในการถูกส่งตัวไปยัง SONA ของไมเคิล ก็ได้บังคับให้ไมเคิล พาตัว เจมส์ วิสเลอร์ แหกคุกออกมา เพื่อแลกกับ ตัวประกันนั่นก็คือ คนรัก ซาร่า และ หลาน แอลเจ โดยติดต่อผ่านทาง ลินคอร์น เบอร์โรว์ เพื่อให้ช่วยเหลือไมเคิลนอกคุก ซึ่งมี ซูเคร เพื่อนรักและ โซเฟีย แฟนสาวของเจมส์เป็นผู้ช่วย